Благая весть идёт: предстоящий .NET Core 3 принесёт нам возможность выгружать сборки из памяти. Сделать это можно будет с помощью класса AssemblyLoadContext. А вот тут инструкция по использованию.

Так как .NET Core забрал у нас Домены Приложений, а это была единственная возможность выгрузить сборку в управляемом коде, то новость просто отличная.